Tvrdá voda obsahuje vysoké koncentrace vápníku, hořčíku a dalších minerálních solí, které po zahřátí a odpaření mohou vytvářet usazeniny vodního kamene na površích výměníků tepla vodou chlazeného kondenzátoru. Tento kotel časem působí jako izolační bariéra mezi chladicí vodou a kovovými povrchy kondenzátoru, což zhoršuje účinnost výměny tepla. Jak vodní kámen houstne, vyžaduje více energie k dosažení stejného chladicího účinku, což vede ke snížení účinnosti systému, vyšším provozním nákladům a zvýšenému opotřebení systému. Usazování vodního kamene může také vést ke snížení průtokové kapacity v kondenzátoru, což má za následek vyšší tlaky a teploty. K potlačení těchto účinků mnoho vodou chlazených kondenzátorů používá změkčovače vody, které odstraňují ionty vápníku a hořčíku, nebo používají chemikálie proti usazování vodního kamene k zabránění tvorby vodního kamene.

Kvalita vody s extrémními hodnotami pH (buď příliš kyselá nebo příliš alkalická) může vést ke korozi kovových součástí v vodou chlazený kondenzátor . Voda s nízkým pH (kyselá) může způsobit oxidaci kovových povrchů, což vede ke korozi a oslabení strukturální integrity kondenzátoru, zatímco voda s vysokým pH (alkalická) může způsobit alkalickou korozi, která narušuje kovové povrchy. Přítomnost chloridů, které se často vyskytují v mořské vodě nebo průmyslové chladicí vodě, může urychlit důlkovou korozi, což vede k lokalizovanému poškození. Aby se zabránilo korozi, měla by být voda upravena tak, aby se udrželo optimální rozmezí pH, typicky mezi 7 a 8,5, což je ideální pro prevenci kyselé i alkalické koroze. Inhibitory koroze, jako jsou fosfáty, sloučeniny zinku nebo silikáty, se běžně používají ve spojení s pravidelným testováním vody, aby se zajistilo, že kvalita vody je v tolerovatelných mezích.

Vodní zdroje, které obsahují usazeniny, nečistoty nebo jiné částice, mohou vést k ucpání a ucpání potrubí vodou chlazeného kondenzátoru a systémů výměníků tepla. Tyto pevné částice mohou bránit průtoku vody a snižují její schopnost odvádět teplo z kondenzátoru. Snížený průtok zvyšuje tlak uvnitř kondenzátoru a snižuje jeho celkovou účinnost chlazení. V průběhu času může hromadění sedimentů vést k abrazivnímu opotřebení vnitřních součástí, což dále zvyšuje nároky na údržbu a možnost selhání. Ke zmírnění těchto problémů jsou na vstupních bodech vody obvykle instalovány filtrační systémy nebo sítka, která zachycují velké částice předtím, než vstoupí do kondenzátoru. Tyto systémy jsou navrženy tak, aby odstraňovaly písek, bahno a další suspendované částice, které by mohly poškodit vnitřní součásti nebo snížit výkon.

K biologickému znečištění dochází, když se na teplosměnných plochách kondenzátoru hromadí mikroorganismy, jako jsou bakterie, řasy a houby. Pokud se tyto mikroorganismy nekontrolují, mohou vytvořit biofilm, který funguje jako izolační vrstva, která výrazně zhoršuje přenos tepla. Biofilm také podporuje korozi a ucpávání, čímž dále snižuje účinnost systému. Biologické znečištění je běžnější v systémech využívajících povrchovou vodu (řeky, jezera nebo mořská voda), které mají vyšší hladiny organického materiálu. Růst řas je obzvláště problematický, protože může blokovat průtok vody a vést ke zvýšené spotřebě energie, protože systém kompenzuje sníženou účinnost přenosu tepla. K boji proti biologickému znečištění systémy úpravy vody často obsahují chemické biocidy (jako jsou sloučeniny na bázi chlóru, bromu nebo mědi), které zabíjejí mikroorganismy dříve, než mohou vytvořit biofilm. Ošetření ultrafialovým (UV) světlem je další možností šetrnou k životnímu prostředí, jak zabránit růstu mikrobů.